La méthode Jaubert tient son nom du professeur Jaubert qui l'aurait mise au point à l'aquarium de Monaco.
Cette méthode, dite naturelle, utilise 3 éléments de base : un fort brassage de l'eau ; un éclairement important ainsi qu'une épaisseur de sol suffisante (sable de corail, aragonite d'au moins 10 centimètres d'épaisseur surplombant un espace libre de 1 à 3 centimètres).
La méthode serait née suite à des observations sur un aquarium qui utilisait un filtre sous-sable. La diffusion lente entre l'espace libre, le sol et l'eau permet des échanges entre un milieu anaérobie et aérobie. Les échanges permettent ainsi une consommation des nitrates, inhérents au cycle de l'azote dans un milieu fermé, mais aussi de libérer des bicarbonates, grace à l'action du CO2 sur la base (sable de corail), donnant la possibilité in fine de nourrir les coraux consommant des bicarbonnates pour leur croissance.
Ainsi seule la compensation de l'eau évaporée est indispensable. C'est une méthode peu chère et écologique dans la mesure ou seules quelques pierres vivantes ou du sable idoine sont nécessaires au contraire de la méthode dite berlinoise.
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