L'efficacité du charbon actif dépendent de deux facteurs. D'abord, la quantité de charbon actif qui est contenu dans le filtre et ensuite, le temps durant lequel les impuretés restent en contact avec le carbone. Le temps de contact des impuretés au carbone peut être affecté par le débit de l'eau, alors un faible débit de l'eau est ce qu'il y a de mieux, le carbone restera plus de temps en contact avec les contaminants de l'eau, permettant ainsi au carbone de mieux absorber les contaminants.
Le charbon actif peut retirer les contaminants de votre aquarium par deux méthodes différentes, en absorbant les contaminants, ou par la réduction catalytique, pendant laquelle les ions négatifs contenus dans le contaminant sont conduits aux ions positifs qui composent le carbone.
Généralement, les particules organiques peuvent être retirées par l'intermédiaire de l'absorption, alors que des contaminants chimiques, tels que le chlore, sont retirés par la réduction catalytique.